纵观水培蔬菜的发展历程及目前种植蔬菜品种的不同以及最终的经济效益的差别， 与传统土壤栽培、基质栽培相比，其主要的优缺点如下：
水培的优点
1、产量高
水培蔬菜通过营养液为根系直接提供营养和水分，因此蔬菜的营养供应更加充足、均衡和迅速，采用这种方式种植的蔬菜，在产量上要比传统土壤栽培或基质栽培的高几倍甚至是十几倍。
2、 品质好
因为是采用营养液来进行蔬菜的种植， 其营养供给均衡，并且可以根据蔬菜种类和生长阶段的不同来进行营养供应的精准控制，而且是在温室大棚等保护性设施条件下进行的，不易受到类似露地栽培那样不利于生长的条件的干扰和影响，植株体内不会过多地积累为抵御干旱、淹水、染病、虫咬和营养不平衡等胁迫而产生的次生代谢物。所以水培蔬菜的口感更好，内在品质更佳。
3、易于自动化控制
由于水培设施采用营养液作为提供植物根系生长的根际条件，其营养水平易通过自动控制设备进行精确控制，只需增加各种检测探头和相应的控制设备即可实现生产过程的自动化控制。
4、设施设备管理简单
水培设施设备采用管道或者各种可以盛装营养液的种植槽等来进行种植，其设备相对简单，只要将设施设备建设好，就可以对作物种植进行良好管理，而且水培的设施设备耐用，管理上较为方便。
水培的缺点
1、投资较大
相对于传统的土壤栽培或者是基质栽培，因为水培的设施设备投资较大，造成了整个规模化水培蔬菜生产基地的投资较大，这是目前规模化水培蔬菜发展的一个瓶颈。但是，随着各种简化、耐用、低成本设施的研发，投资较大的问题也可以得到一定程度上的解决。
2、有可能出现病害的大量传播
水培蔬菜的营养液是循环流动的， 如果种植系统中出现病害， 特别是根系病害时， 有可能出现病害的大范围传播。因此做好生产用水、育苗基质的消毒、营养液和设施设备的消毒非常重要。
3、技术要求较高
水培蔬菜是在营养液中进行的， 它没有传统土壤栽培中土壤的缓冲性， 因此对营养液浓度、各营养物质比例、酸碱度以及温度等条件的控制就需更加严格。因此，在管理和控制的技术上要求更高。
